Eduardo Pinheiro nasceu em 1979, em Pombal.
Pós-graduado em "Gestão de Entidades Públicas e Autárquicas" pelo INDEG-IUL ISCTE Executive Education, em 2004, e licenciado em Sociologia pela Universidade Nova de Lisboa, em 2002.
Desde 2002 integrou diversas estruturas de gestão de fundos comunitários na área da formação e do emprego no âmbito do QCAIII e do QREN, sob a tutela dos Ministérios da Economia e da Segurança Social, exercendo funções técnicas e de direção.
A partir de outubro de 2013, ocupou o cargo de Vice-Presidente da Câmara Municipal de Matosinhos até ao início de janeiro de 2017, com responsabilidade nos pelouros do Planeamento e Ordenamento do Território; da Reabilitação Urbana; da Gestão e Fiscalização Urbanística e das Finanças e Património, momento em que assume a Presidência da Câmara, até ao final do mandato então em curso (2013-2017), e passa igualmente a acumular os cargos de Presidente do Conselho de Administração das empresas municipais Matosinhos Habit, E.M., e Matosinhos Sport, E.M..
Ainda em janeiro de 2017, assume a Presidência da Assembleia Geral da Casa da Arquitetura – Centro Português de Arquitetura.
Desde 2013, que integra a Assembleia Intermunicipal LIPOR – Serviço Intermunicipalizado de Gestão de Resíduos do Grande Porto.
Entre janeiro de 2017 e maio de 2019, exerceu o cargo de Presidente da Assembleia Geral do Metro do Porto.
Em dezembro de 2018 foi eleito vice-presidente do Conselho de Administração da Agência de Energia do Porto (AdEPorto).
Foi Secretário de Estado da Mobilidade do XXII Governo Constitucional.