A PJM é um serviço essencial do sistema de justiça militar português, também ele o resultado de um longo e profundo movimento de transformação ao longo da história. No período mais recente da democracia, a revisão constitucional de 1997 e outras alterações relevantes marcaram essa transformação de forma decisiva, pondo fim à tradição da autonomia da justiça militar, com a extinção dos tribunais militares em tempo de paz, e definindo o quadro atual de atuação da PJM.
Neste quadro, o sistema de justiça militar tem hoje como objetivo proteger a "função militar", que é a defesa militar da República, e não mais, como no passado, proteger a "organização militar". Esta é, portanto, a missão fundamental da PJM, que passa por garantir a salvaguarda dos interesses militares da defesa nacional contra factos lesivos, o que este corpo superior de polícia faz coadjuvando as autoridades judiciárias nas ações de prevenção e de investigação criminal da sua competência.
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